Forma parte de las instalaciones del Parque Recreativo Matlatzinca, ubicado en el Cerro del Calvario. Fue inaugurado el 2 de marzo de 1971 con el objetivo de fomentar la preservación de los recursos naturales. Sus seis salas permanentes llevan los nombres de Universo y sistema solar, Geología, Biodiversidad del Estado de México, Lepidópteros, Insectos y Ecología. Destaca su colección de más de tres mil mariposas. Cuenta con una sala para exposiciones temporales relacionadas con el medio ambiente y la cultura. Organiza visitas guiadas y concursos de arte.