En 1878, cuando fue demolido el templo de Loreto –originalmente anexo al colegio jesuita- su patrimonio quedó disperso en varias iglesias. Muchos de esos objetos fueron recuperados y junto con otras obras valiosas de carácter religioso que habían llegado a Chihuahua, crearon el acervo inicial del museo.

Entre obras de varios autores, hay oleos de Miguel Cabrera, José de Alcíbar y Antonio de Torres. El museo tiene además la urna con los restos del beato padre Maldonado, féretros de obispos, imágenes y objetos de culto, digna de mención es la silla que su Santidad Juan Pablo II utilizó durante su visita a esta ciudad en 1990.