Pieza clave resulta este museo para el conocimiento de las poblaciones indígenas que han habitado los estados de Durango, Zacatecas, Sinaloa, Nayarit y Jalisco por un período de 12 mil años. Fue inaugurado el 3 de agosto de 1998 y aún conserva su objetivo primario: preservar, estudiar y difundir el patrimonio arqueológico duranguense, que se ofrece también al visitante para que adquiera un conocimiento más completo de Durango.

El acervo está formado por numerosas muestras arqueológicas: cráneos, vasijas, malacates, pectorales, recopiladas por los doctores Jaime Ganot Rodríguez y Alejandro Peschard Fernández a lo largo de 30 años de investigación científica. El inmueble que lo aloja fue una casa habitación modesta que data de fines del siglo XIX, después funcionó como imprenta y archivo del estado hasta convertirse en museo. La sencillez de su fachada solo muestra el portón de acceso enmarcado en cantera.