Al arribo de misioneros jesuitas, la península de la Baja California estaba poblada por grupos de cazadores recolectores seminómadas dispersos en el territorio. A través de herramientas líticas y el arte rupestre se explica la forma de vida de estos grupos indígenas. Otro tema que aborda la sala es el contacto europeo a través de la cartografía de los siglos XVI y XVII, objetos del contingente militar y arte sacro del siglo XVIII, que dan cuenta del proceso de descubrimiento temprano de la península, los primeros intentos de poblamiento y su ocupación permanente.