En el antiguo Japón, Kubo (Art Parkinson) es un inteligente joven que lleva una existencia tranquila junto a su madre en un pequeño pueblo costero en el que nunca pasa nada. Se gana la vida como cuentacuentos, relatando a los aldeanos historias maravillosas empleado figuras de origami. Pero un día su vida se ve trastocada por completo cuando, sin hacer caso a su madre, no regresa a casa antes del anochecer.