En el caso específico del Museo Nacional de Historia, se procedió a una revisión y actualización de las 50000 piezas que componen su acervo. Al finalizar el periodo, se cuenta con un total de 647046 piezas inventariadas en las colecciones de museos del Instituto.

Museo Nacional de Antropología

En el área metropolitana destaca, por su impacto social y cultural, y por ser el recinto antropológico más significativo y relevante del país, la reestructuración de las 23 salas del Museo Nacional de Antropología.

En una primera etapa se elaboraron seis salas: Mexica, Oaxaca, Preclásico, Gran Nayar, Pueblos Indios y Otopames; en tanto que en la segunda etapa se llevaron a cabo los trabajos en las salas restantes, incluida la Mediateca, la cual alberga interactivos y sistemas audiovisuales y la restauración de 108 piezas de incalculable valor histórico.

El Museo Nacional de Antropología se presenta ahora como un museo renovado y con adelantos museográficos que incluyen nuevas tecnologías para acceder a la vasta información del legado de las principales culturas de México.

Museo Regional de Oaxaca, ex convento de Santo Domingo

Para la reestructuración del Museo Regional de Oaxaca, considerado como uno de los proyectos más importantes realizados en el periodo, se reunió un equipo multidisciplinario en el que participaron arqueólogos, antropólogos, historiadores, arquitectos, museógrafos, diseñadores, restauradores, escultores y pintores. Además, se contó con la participación del gobierno del estado, de Fomento Cultural banamex, y de diferentes sectores de la sociedad civil.

La renovación formó parte de un proyecto más amplio, consistente en la creación del Centro Cultural Santo Domingo, ubicado en el ex convento de Santo Domingo de Guzmán en la ciudad de Oaxaca. Los trabajos también significaron la recuperación de los espacios del Museo de las Culturas de Oaxaca, la Biblioteca "Francisco de Burgoa", el Jardín Histórico Etnobotánico y la Hemeroteca del estado.