El Museo de Arte Indígena Contemporáneo alberga obras de 12 etnias de México: rarámuri, yoreme, yaqui, purépecha, huichol, mazahua, otomí o ñañu, nahua, mixteca, tzotzil, zeltal y zapoteca, además de un espacio dedicado a comunidad cultural de Mata Ortíz y otro más a los pueblos de Morelos. Se pueden apreciar textiles, alfarería, tallados en madera y cerámica, piezas de autor únicas, contemporáneas, dinámicas y futuristas. 

La colección pertenece a la fundación Pro-Niño Marginado AC y consta de 284 trabajos que fueron exhibidos de manera itinerante en Canadá, Estados Unidos y distintas ciudades de México. Hoy, la Universidad Autónoma del Estado de Morelos es la depositaria para su resguardo, preservación, investigación y exposición.

El inmueble que hoy ocupa el museo data del siglo XVI. Ha tenido varios usos a lo largo de 5 siglos de historia.  Su importancia radica en que se trata del edificio civil más antiguo de la calle Morelos, en el centro de Cuernavaca. El rescate del inmueble refleja la tipología espacial de las viviendas capitalinas del siglo XVII.