En la sala de Pueblos Indios se puede conocer acerca del territorio de Querétaro, en donde se muestra la mayor parte de la población indígena representada por los pueblos otomíes (ñäñho o ñöñhö), quienes se encuentran ubicados geográficamente en varios municipios, entre ellos, Amealco, Tolimán y, en menor medida, Cadereyta, Ezequiel Montes, Colón y Peñamiller.

Además, es posible observar sus expresiones culturales relacionadas con su origen, los cambios estacionales, las etapas del ciclo agrícola, el ciclo de la vida, la muerte, su actividad ritual y los símbolos que nutren la devoción de las comunidades.