A su vez, el acervo del Fondo Reservado, principalmente integrado por libros, periódicos, revistas, folletos y mapas, de utilidad fundamental para investigadores, se distinguió por la antigüedad, rareza, formato, encuadernación y valor bibliográfico de los ejemplares, pues algunos de ellos pertenecieron a personalidades destacadas en algún campo de la actividad cultural y profesional.

Este fondo quedó integrado, entre otras, por las colecciones Carlos Basave y del Castillo Negrete (compuesta por textos raros acerca de la historia política, social y económica de México); Antonio Caso (que abarca temas principalmente de filosofía, sociología, ciencias sociales, literatura y arte mexicano); Felipe Teixidor (en su mayoría con temas relacionados con la historia, la literatura y el arte nacionales); Joaquín García Icazbalceta (también sobre historia y literatura mexicana); Palafox; Olavarría y Ferrari; así como por la Hemeroteca Histórica, en la que se conservan publicaciones periódicas hasta 1950. El Fondo Reservado se encuentra organizado en cuatro secciones: Bóveda de Seguridad, Colección de Consulta, Colección General y Hemeroteca Histórica.

De entre los incunables y primeras ediciones antiguas que se conservan, sobresalen: [Sermones fratris roberti] de Robertus Caracciolus de Licio (1490); Los V libro de Lucio Anneo Séneca (1491); A gloria y a loor de dios aquí comienca un tratado... de San Antonino de Florencia (1492); [Questiones de quodlibet] de Santo Tomás de Aquino (149-?); [Enarrationes in psalmos] de San Agustín (1497); dos impresos mexicanos del siglo xvi, también conocidos como incunables americanos de Fray Alonso de Molina; siendo las primeras ediciones: Aquí comienca vn vocabulario en la lengua castellana y mexicana (1555); y un Vocabvlario en lengua castellana y mexicana (1571); y por último Coronica de las Indias: La hystoria general de las Indias...(1547) de Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés.

Durante este periodo, la Biblioteca de México adquirió obras y colecciones relevantes que enriquecieron el Fondo Reservado, por ejemplo: Enciclopedia del arte en América de Vicente Gesualdo (omeba, Buenos Aires, 1968); Exploradores políticos de México. Bulnes y el partido científico ante el derecho ajeno de Juan Pedro (México, 1904); El ingenioso hidalgo Don Quijote de la Mancha de Miguel de Cervantes Saavedra (Edición de Juan Antonio Pellicer y Gabriel de Sancha, 1797); y Ecos de la montaña: leyendas históricas de José Zorrilla (Barcelona: Montaner y Simón, 1873).