Al finalizar el año 2000, el acervo videográfico sumó 20300 videos a los que se añadieron 316 discos láser, de la colección Rafael Castanedo, adquirida en agosto de 2000. El acervo iconográfico se conformó por más de 70000 fotografías, fotomontajes, diapositivas, negativos y más de 5000 carteles. Por su parte, el acervo documental alcanzó cerca de 6000 libros, 5000 guiones no publicados y 30000 expedientes de prensa e investigación.

Desde 1998 se implantó un programa de conservación de las colecciones gráficas, mediante reprografía en alta resolución de imágenes frágiles, que permitió controlar los acervos, administrando un sistema de organización, arreglo, preservación y base de datos.

Se estableció un acervo de colecciones especiales que comprende objetos, álbumes fotográficos, negativos y documentos varios. Destacan 1341 imágenes de la colección Fotografía Nacional Histórica, 267 piezas de Fotomontajes Históricos, 120 Carteles Nacionales Históricos, 14720 dibujos de la película Los tres reyes magos, 9205 negativos de la colección Corona, y 65 vestidos, 45álbumes y 131 guiones de la colección Dolores del Río.

Además de conservar sus propios acervos, la Cineteca Nacional brindó asesoría a otras instituciones, entre ellas, el Museo Nacionalde Culturas Populares, la Coordinación de Medios Audiovisuales del conaculta y la colección Ramón Bravo. El personal responsable de la conservación recibió continua capacitación en áreas como nuevas tecnologías, documentación audiovisual y administración de acervos.

En apoyo a las actividades sustantivas de la Cineteca Nacional, se reunió la totalidad del acervo en el Centro de Documentación e Investigación en Cinematografía. Este Centro puso a disposición de los usuarios internos (investigadores, personal que elabora el programa mensual, curadores, programadores y aquellos que procesan las bases de datos) y externos (estudiantes, periodistas, investigadores, y público en general) los documentos que representan la historia de cada película.