Como un órgano con personalidad jurídica propia dependiente de la Secretaría de Educación Pública, el inah se integró, a partir de 1988, al Consejo Nacional para la Cultura y las Artes.

Está conformado por numerosos y diversos centros de trabajo. Tiene a su cargo museos nacionales, regionales, locales y de sitio; zonas arqueológicas de pequeña, mediana y gran magnitud; espacios académicos para la investigación y la restauración, escuelas de educación superior, archivos, fototecas, bibliotecas, librerías, tiendas, monumentos históricos y espacios para la custodia de bienes culturales.

A partir de 1995, el proceso de planeación diseñado para el corto y mediano plazo se basó en el diagnóstico exhaustivo de la situación que presentaba el Instituto, mismo que permitió identificar las principales problemáticas en sus áreas sustantivas y analizar las acciones para su corrección o modificación, así como aprovechar avances y programas provenientes de las administraciones precedentes.

El diagnóstico, elaborado conjuntamente por las coordinaciones nacionales y las direcciones centrales de área, presentó un análisis objetivo del desempeño institucional y una clara identificación de las problemáticas y las estrategias positivas y negativas implementadas en el pasado.

En términos generales, tras reconocer la magnitud de las labores realizadas por el Instituto desde su creación y a pesar de los retos expuestos por el acelerado desarrollo económico y social del país, el análisis mostró una Institución con insuficiencias, algunas de ellas significativas.

La falta de inventario y control del universo que constituye su área de trabajo impedía la planeación óptima de actividades; la investigación se realizaba de manera atomizada, disminuyendo eficacia y alcances.

En materia de monumentos históricos, resultaban incipientes las acciones de coordinación con las dependencias públicas responsables de realizar en los ámbitos federal, estatal y municipal, las políticas de desarrollo urbano, social y económico.