Rasgo característico del programa de exposiciones, fue el conjunto de actividades paralelas que se promovieron en cada una de ellas, mismas que, por su concepción multidisciplinaria, estimularon entre el público no sólo una mayor comprensión de las muestras, también la reflexión académica y las tareas de investigación. De igual forma cabe señalar la importancia que adquirieron los distintos catálogos que se elaboraron, los cuales se convirtieron en referentes bibliográficos de suma utilidad.

Ejemplo de lo anterior, se expresó en la muestra "Arte popular mexicano. Cinco siglos", que por vez primera reunió las obras más singulares de esta rica tradición artística. Se promovieron ocho talleres, un concurso de elaboración de alebrijes, actividades teórico-prácticas de cartonería, demostraciones del trabajo artesanal, espectáculos de títeres y danzas regionales, y se instaló un espacio lúdico sensorial denominado "Los sentidos del arte popular", dirigido a personas con discapacidad.

Otra exposición de carácter antológico y a la vez única en el conjunto de la difusión del patrimonio de nuestras antiguas civilizaciones fue "Fragmentos del pasado. Murales prehispánicos", en la que destacaron el programa de visitas autoconducidas "Arqueoaventureros", las numerosas conferencias y talleres, particularmente el dedicado a la cocina prehispánica y el circuito de visitas guiadas a zonas arqueológicas representativas del arte mural.

En lo que constituyó la primera muestra a nivel mundial que reunió gran parte del legado del padre del psicoanálisis, "Sigmund Freud. Coleccionista", permitió al público mexicano apreciar cuadros, piezas y objetos de muy diversas culturas que rodearon a tan importante figura. Entre las actividades paralelas llevadas a cabo sobresalieron un ciclo de conferencias que dictaron numerosos expertos, la proyección de películas, un concurso dirigido a los jóvenes a fin de estimular su conocimiento acerca del científico vienés y la lectura dramatizada del texto teatral Histeria.

En el marco de la conmemoración de los centenarios de Felipe II y Carlos V que se desarrolló en España, se montó "El mundo de Carlos V. De la España medieval al Siglo de Oro", exposición que conjuntó ejemplos de pintura, escultura, tapicería y joyería de ese periodo de la historia. En lo que constituyó otra oportunidad única para el público, también contó con una serie de conferencias, talleres y visitas guiadas que estimularon el vínculo entre la escuela y el museo.