Años más tarde, José Clemente Orozco decoró los muros de los tres pisos al norte del "patio grande", con temas de crítica social y sobre el movimiento revolucionario. En el cubo de la escalera plasmó escenas alusivas al mestizaje: Cortés y la Malinche, Razas aborígenes y Los franciscanos, mientras que en dos paneles del muro de arranque de la escalera realizó Los ingenieros y Hombres sedientos.

Para la difusión de este importante acervo, el Antiguo Colegio de San Ildefonso editó un tríptico con la historia del edificio y publicó el primer cuaderno de la Serie Material de Apoyo para Maestros. Con la finalidad de atender al público infantil y juvenil, se puso en marcha el programa "Rally por el Antiguo Colegio de San Ildefonso", que contó con una publicación especial que, a través de preguntas y acertijos, permitió a los participantes adentrarse en la historia y riqueza artística del edificio. Este programa fue sustituido a principios del año 2000 por "Un mural en mi morral", actividad en la que los participantes realizan una visita al edificio y posteriormente pintan alguno de los murales sobre un morral de manta.

Con el apoyo de Nacional Financiera, se publicó el libro Antiguo Colegio de San Ildefonso, en el que participaron importantes investigadores e historiadores del arte, mismo que debido a su demanda, fue reimpreso con la ayuda del Patronato del Colegio.

Por otra parte, se llevó a cabo el Congreso Internacional de Muralismo "San Ildefonso, cuna del muralismo mexicano: reflexiones historiográficas y artísticas", y se editó la Memoria del mismo. También se puso en marcha un área de documentación, cuyo objetivo fue reunir libros y catálogos de arte, así como información bibliográfica, hemerográfica, documental y gráfica sobre la historia y el acervo artístico del Colegio, lo que favoreció a su vez la investigación sobre los temas de las exposiciones temporales que se presentaron en el recinto.

Preservación e innovación

El Antiguo Colegio de San Ildefonso dispone de 20 salas para exposiciones temporales, con una superficie total de 2 600 metros cuadrados, distribuidas en los tres niveles del edificio. Como monumento histórico y por las características de su construcción, requirió de diversas acciones en materia de intervención, a fin de dar mantenimiento a las instalaciones y para adecuar sus espacios a los objetivos de la Institución.