El fideicomiso tiene su origen en un contrato de carácter irrevocable en el que participan el gobierno del estado de Oaxaca, el Banco Nacional de México a través de Fomento Social Banamex, y el conaculta a través del inah. Gracias a este convenio fueron creados, además, un Consejo Consultivo del Centro Cultural Santo Domingo, un Consejo Consultivo del Patrimonio Cultural de Santo Domingo y un Patronato; los dos primeros para coadyuvar en la elaboración de programas de actividades culturales y de difusión y conservación del inmueble, y el tercero con la finalidad de obtener recursos económicos que son depositados en la cuenta del fideicomiso.

Luego de dos años de funcionamiento este Centro es un punto de referencia fundamental en la cultura oaxaqueña, además de que el inmueble ha sido parte determinante en la vida de los habitantes de esta región por su marcada influencia en los ámbitos religioso, social y cultural. Por su majestuosidad y belleza, el edificio es en sí un punto sumamente atractivo para el turismo cultural, y ahora, con las actividades que realizan las instituciones que lo conforman, resulta un lugar de visita obligada para todos aquellos que deseen conocer más sobre el pasado y la cultura de la región.

El Centro Cultural Santo Domingo se abocó al resguardo, investigación y difusión del acervo histórico contenido en el museo, así como a la investigación y estudio de la flora de la región, la protección y exhibición de las colecciones bibliográficas, y la preservación, para la consulta pública, del material concentrado en la hemeroteca. Así también cuenta con varios espacios de usos múltiples en donde se realizan diferentes actividades artísticas, culturales, educativas y sociales.

Cooperación interinstitucional

El programa integral del Centro quedó conformado por las siguientes instituciones: el Museo de las Culturas de Oaxaca, dependiente del inah; el Jardín Histórico Etnobotánico, constituido también como fideicomiso; la Biblioteca "Fray Francisco de Burgoa", cuyo acervo es propiedad de la Universidad Autónoma "Benito Juárez" de Oaxaca, y la Hemeroteca Pública "Periodista Néstor Sánchez H.", dependiente del gobierno del estado de Oaxaca a través del Instituto Oaxaqueño de las Culturas.