Este importante acervo bibliográfico pasó a formar parte de la Biblioteca Pública del Estado bajo la custodia del Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca (hoy uabjo) y cuenta entre sus tesoros once incunables, algunos primeros impresos mexicanos y un manuscrito en latín de fray Bartolomé de Las Casas. Su libro más antiguo es Comentarios a la filosofía de Aristóteles, de Juan Versor, editado en latín en 1484. Asimismo, posee los importantes fondos bibliográficos de Benito Juárez, Matías Romero, Jacobo Dalevuelta y Aurelio Valdivieso. Enriquecido con diferentes donaciones en los temas de arte, literatura, ciencias, geografía, religión e historia, el acervo de la Biblioteca "Fray Francisco de Burgoa" constituye uno de los bienes más preciados del Centro Cultural Santo Domingo. Este espacio cuenta, además, con una sala de exposiciones, y áreas donde se encuentran los talleres de encuadernación y restauración de papel.

Jardín Histórico Etnobotánico

Los jardines botánicos representan lugares estratégicos para la educación ambiental al mostrar una diversidad de plantas provenientes de distintas zonas climáticas y, en algunos casos, especies de otras partes del mundo, proporcionando a los visitantes una visión más amplia de la riqueza de este recurso.

Uno de los compromisos del Jardín Histórico Etnobotánico del Centro Cultural Santo Domingo fue establecer programas de educación sobre las relaciones sociedad-naturaleza y la problemática ambiental, por medio de actividades orientadas a promover una actitud de interés y respeto hacia la diversidad natural y hacia el conocimiento tradicional del medio ambiente para, de esta forma, contribuir a la conservación y al aprovechamiento sustentable de los recursos vegetales del estado de Oaxaca.

A través de conferencias y talleres abiertos al público se buscó la concientización, el conocimiento, la participación y el desarrollo de habilidades y actitudes que lleven a los distintos sectores de la población a revalorar y tener presente el vínculo entre los grupos humanos y la naturaleza. Para facilitar un acercamiento integral al tema se diseñó el programa denominado "Maletín etnobotánico" el cual desarrolla una serie de actividades prácticas para el público infantil. Esta actividad educativa está dirigida a la población escolar principalmente de 4, 5 y 6 grados de primaria a través de una sección teórica y otra de carácter práctico. De este modo se fortalece la instrucción de ciencias naturales en la escolaridad primaria y se alienta la participación activa de estudiantes y maestros con el fin de conocer y preservar la rica flora oaxaqueña.